Up VUI-202012/01 作成: 2020-12-24
更新: 2020-12-24


      BBC NEWS, 2020-12-20
    New coronavirus variant: What do we know?
    The rapid spread of a new variant of coronavirus has been blamed for the introduction of strict tier four mixing rules for millions of people, harsher restrictions on mixing at Christmas in England, Scotland and Wales, and other countries placing the UK on a travel ban.

    So how has it gone from being non-existent to the most common form of the virus in parts of England in a matter of months?

    The government's advisers on new infections now say they have "high" confidence that it is more able to transmit than other variants.

    All the work is at an early stage, contains huge uncertainties and a long list of unanswered questions.

    As I've written before, viruses mutate all the time and it's vital to keep a laser focus on whether the virus' behaviour is changing.

    Why is this variant causing concern?

    Three things are coming together that mean it is attracting attention:

    • It is rapidly replacing other versions of the virus
    • It has mutations that affect part of the virus likely to be important
    • Some of those mutations have already been shown in the lab to increase the ability of the virus to infect cells

    All of these come together to build a case for a virus that can spread more easily.

    However, we do not have absolute certainty. New strains can become more common simply by being in the right place at the right time - such as London, which had only tier two restrictions until recently.

    But already the justification for tier four restrictions is in part to reduce the spread of the variant.

    "Laboratory experiments are required, but do you want to wait weeks or months [to see the results and take action to limit the spread]? Probably not in these circumstances," Prof Nick Loman, from the Covid-19 Genomics UK Consortium, told me.

    How much faster is it spreading?

    It was first detected in September
    In November around a quarter of cases in London were the new variant. .
    This reached nearly two-thirds of cases in mid-December.

    You can see how the variant has come to dominate the results of testing in some centres such as the Milton Keynes Lighthouse Laboratory.

    Mathematicians have been running the numbers on the spread of different variants in an attempt to calculate how much of an edge this one might have.

    But teasing apart what is due to people's behaviour and what is due to the virus is hard.

    The figure mentioned by Prime Minister Boris Johnson was that the variant may be up to 70% more transmissible. He said this may be increasing the R number - which indicates if an epidemic is growing or shrinking - by 0.4.

    That 70% number appeared in a presentation by Dr Erik Volz, from Imperial College London, on Friday.

    During the talk he said: "It is really too early to tell… but from what we see so far it is growing very quickly, it is growing faster than [a previous variant] ever grew, but it is important to keep an eye on this."

    There is no "nailed on" figure for how much more infectious the variant may be. Scientists, whose work is not yet public, have told me figures both much higher and much lower than 70%.

    But there remain questions about whether it is any more infectious at all.

    "The amount of evidence in the public domain is woefully inadequate to draw strong or firm opinions on whether the virus has truly increased transmission," said Prof Jonathan Ball, a virologist at the University of Nottingham.

    How far has it spread?

    It is thought the variant either emerged in a patient in the UK or has been imported from a country with a lower ability to monitor coronavirus mutations.

    The variant can be found across the UK, except Northern Ireland, but it is heavily concentrated in London, the South East and eastern England. Cases elsewhere in the country do not seem to have taken off.

    Data from Nextstrain, which has been monitoring the genetic codes of the viral samples around the world, suggest cases in Denmark and Australia have come from the UK. The Netherlands has also reported cases.

    A similar variant that has emerged in South Africa shares some of the same mutations, but appears to be unrelated to this one.

    Has this happened before?

    Yes.

    The virus that was first detected in Wuhan, China, is not the same one you will find in most corners of the world.

    The D614G mutation emerged in Europe in February and became the globally dominant form of the virus.

    Another, called A222V, spread across Europe and was linked to people's summer holidays in Spain.

    What do we know about the new mutations?

    An initial analysis of the new variant has been published and identifies 17 potentially important alterations.

    There have been changes to the spike protein - this is the key the virus uses to unlock the doorway to our body's cells.

    One mutation called N501Y alters the most important part of the spike, known as the "receptor-binding domain".

    This is where the spike makes first contact with the surface of our body's cells. Any changes that make it easier for the virus to get inside are likely to give it an edge.

    "It looks and smells like an important adaptation," said Prof Loman.

    The other mutation - a H69/V70 deletion, in which a small part of the spike is removed - has emerged several times before, including famously in infected mink.

    Work by Prof Ravi Gupta at the University of Cambridge has suggested this mutation increases infectivity two-fold in lab experiments.

    Studies by the same group suggest the deletion makes antibodies from the blood of survivors less effective at attacking the virus.

    Prof Gupta told me: "It is rapidly increasing, that's what's worried government, we are worried, most scientists are worried."

    Where has it come from?

    The variant is unusually highly mutated.

    The most likely explanation is the variant has emerged in a patient with a weakened immune system that was unable to beat the virus.

    Instead their body became a breeding ground for the virus to mutate.

    Does it make the infection more deadly?

    There is no evidence to suggest that it does, although this will need to be monitored.

    However, just increasing transmission would be enough to cause problems for hospitals.

    If the new variant means more people are infected more quickly, that would in turn lead to more people needing hospital treatment.

    Will the vaccines work against the new variant?

    Almost certainly yes, or at least for now.

    All three leading vaccines develop an immune response against the existing spike, which is why the question comes up.

    Vaccines train the immune system to attack several different parts of the virus, so even though part of the spike has mutated, the vaccines should still work.

    "But if we let it add more mutations, then you start worrying," said Prof Gupta.

    "This virus is potentially on a pathway for vaccine escape, it has taken the first couple of steps towards that."

    Vaccine escape happens when the virus changes so it dodges the full effect of the vaccine and continues to infect people.

    This may be the most concerning element of what is happening with the virus.

    This variant is just the latest to show the virus is continuing to adapt as it infects more and more of us.

    A presentation by Prof David Robertson, from the University of Glasgow on Friday, concluded: "The virus will probably be able to generate vaccine escape mutants."

    That would put us in a position similar to flu, where the vaccines need to be regularly updated. Fortunately the vaccines we have are very easy to tweak.



      国立感染症研究所, 2020-12-22
    英国における新規変異株(VUI-202012/01)の検出について (第1報)

    概況

    • 英国では、過去数週間にわたって、ロンドンを含む南東イングランドで新型コロナウイルス感染症(COVID-19)症例の急速な増加に直面しており、疫学的およびウイルス学的調査を強化してきた。そして、南東イングランドで増加しているCOVID-19症例の多くが、新しい単一の系統に属していることが確認された。
    • 英国でのウイルスゲノム解析・疫学・モデリング解析では、この新規変異株(VUI-202012/01)はいままでの流行株よりも感染性が高い(再生産数(R)を0.4以上増加させ、伝播のしやすさ(transmissibility)を最大70%増加)ことが示唆され、PCR法による核酸検査やウイルスゲノム解析から推定されるウイルス量は、増加していることが示唆されている。
    • 英国は、12月20日から今後数週間、南東イングランドで「Tier 4」レベル(外出制限等を含む最も強い措置)となることを発表した。
    • スコットランドでは、12月26日からスコットランドと他の英国への行き来を禁止すると発表した。オランダは2020年12月20日の午前6時から2021年1月1日まで英国からの渡航を禁止し、ベルギーは2020年12月20日の0時から24時間、英国への飛行機と列車での移動を中止した。

    遺伝子変異について

    • この系統に属する新規変異株(VUI-202012/01)は、武漢株と29塩基異なり、スパイクタンパクの変異(deletion 69-70、deletion 144、N501Y、A570D、D614G、P681H、T716I、S982A、D1118H)とその他の部位の変異で定義される。Nextstrain clade 20B、GISAID clade GR、B.1.1.7系統に属している。
    • スパイクタンパクの多くの変異数、英国でのウイルスゲノム解析が行われる割合(5-10%)、その他の新規変異株の特徴からは、この株は免疫抑制者等において一人の患者での長期的な感染で、免疫回避による変異の蓄積が加速度的に起こった結果である仮説が考えられる。一方で、ヒトから動物、動物からヒトに感染し変異した可能性やウイルスゲノム解析が(あまり)行われていない国において流行する中で、探知されないまま、徐々に変異が蓄積した可能性は否定的である。

    影響

    • 新規変異株の変異の一つ、S遺伝子deletion 69-70により、S遺伝子を検出するPCRについて検証が必要。
    • 現時点では、この新規変異株に関連した重症化を示唆するデータは認めないが、症例の大部分が重症化の可能性が低い60歳未満の人々(地域で流行している年齢層を反映)であり、評価に注意が必要である。
    • 現時点では、ワクチンの有効性への影響は不明である。

    英国以外の状況

    • デンマーク(9例)、オランダ(1例)、ベルギー(4例) 、オーストラリア(1例)、イタリア(メディア情報)で確認されている。なお、各国の病原体サーベイランス体制やゲノム解析能力の差異により、検知能力が異なることに留意すること。ECDCは、“EUのほとんどの国では、ウイルスゲノム解析が行われている例が英国よりも少ないため(英国では全症例の約5~10%で実施)、この新規変異株がすでにEU内で流行している可能性は否定できない”としている。
    • 南アフリカでも、感染性の変化に最も影響を与えうると考えられる変異の一つであるN501Yを認める変異株が見つかっているが、系統としては進化的関連を認めない。

    日本の状況

    • 日本において感染性の変化に最も影響を与えうると考えられるN501Y変異株は見つかっていない。なお、ウイルスの遺伝子解析が行われている症例は全体の一割程度に限られていることに留意すること。

      参考)国内のゲノム確定数 14,077検体、空港検疫のゲノム確定数 384 検体(共に2020/12/22現在)。
      全てにおいてN501Y変異株は未検出。VUI-202012/01の系統も検出されていない。

    日本における迅速リスク評価

    • 英国からの輸入リスクがある。現状では、英国からは外国人は原則入国禁止であり、日本人等の入国者は、空港での検査と14日間の自宅待機が行われており、輸入リスクは低い。
    • 英国以外での流行状況は不明であるが、いくつかの国ではすでに検出されていることから輸入リスクはあるが、定量的評価は困難。
    • 3〜4月の感染拡大以後、海外からの持ち込み株が国内で持続的に拡大した事例は確認されていないが、従来株と比較して感染性が高い可能性に鑑みて、国内に持ち込まれた場合の拡大リスクに留意。
    • 現状の国立感染症研究所の病原体検出マニュアルに記載のPCR検査法は、これまでと同様に使用可能である。

    日本の対応についての国立感染症研究所からの推奨

    • 変異株の監視体制の強化。特に、最近2週間の英国渡航歴ありの陽性者に対する検体提出、ゲノム分析の実施。
    • 英国からの入国者の健康観察。必要に応じ、指定施設での停留(健康観察)や航空便の運行停止も検討。
    • 上記について、英国以外に変異株が検出されている地域に対しても同様の措置を検討すること

    主な参考資料

    1. The New and Emerging Respiratory Virus Threats Advisory Group (NERVTAG) advises the government on the threat posed by new and emerging respiratory viruses. https://www.gov.uk/government/groups/new-and-emerging-respiratory-virus-threats-advisory-group
    2. European Centre for Disease Prevention and Control. Rapid increase of a SARS-CoV-2 variant with multiple spike protein mutations observed in the United Kingdom – 20 December 2020. ECDC: Stockholm; 2020. https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/SARS-CoV-2-variant-multiple-spike-protein-mutations-United-Kingdom.pdf

    注意事項

    • 迅速な情報共有を目的とした資料であり、内容や見解は情勢の変化によって変わる可能性がある。


    つぎの記事で「変異種」と言っているのは,「変異株」の間違い。
    また,この変異株が「N501Y」と呼ばれるというふうに書いているが,「N501Y」はスパイク蛋白質の変異タイプの名であり,「VUI-202012/01」がこの変異株につけられた名である。
      読売新聞, 2020-12-22
    ウイルス突起分子に変化
    コロナ変異種 重症化率確証急ぐ
     英国で流行が拡大する変異した新型コロナウイルスは、英エディンバラ大などの研究で、現在世界で流行するタイプに比べ、ウイルス表面にあるスパイク(突起) 先端の分子が1個変化していることがわかった。
     スパイクは、ウイルスが細胞に感染する時に使う重要な構造だが、変異ウイルスが拡大した9月以降の英国で、患者の病状が重くなるなどのデータはない。 専門家は、冷静に分析を待つよう呼びかけている。
     今回のウイルスは、今年3月以降に出現した欧州型 (D614G) がさらに変異したもので、遺伝情報の変化の特徴から「N501Y」と呼ばれている。
     英医療当局の諮問機関の発表によると、この変異種は欧州型など他の新型コロナウイルスに比べ、約1.7倍速く感染が広がってい る可能性があるという。 デンマークやオーストラリアなどの感染者は英国由来とみられるが、最初に変異したウイルスがロンドン発祥か、他の地域から持ち込まれたのかはわかっていな
     欧州各国は、変異種の流入で医療が逼迫したり、変異がさらに重なって病原性が強まったりすることを警戒している。 諮問機関は、英国内の死亡率や重症化率のデータの検証を急ぐよう求めている。
     新型コロナは約3万個の遺伝情報を持ち、1年間に約24か所の速さで変異が起きるとみられる。 昨年四月に中国で見つかった「初期型」は消え、現在は欧州型が世界の主流だ。 その後もデンマークで変異が見つかり、感染するミンクが大量処分されるなど、変異への監視が強まっている。
     開発されたばかりのワクチンの効果への影響を心配する声もある。 米製薬大手ファイザーなどのワクチンは欧州型に対応しているが、スパイク先端だけでなく他の部分にも免疫が反応し、ウイルスを攻撃するよう設計されているという。
     森田公一・長崎大熱帯医学研究所長(ウイルス学)は「ワクチンが全く効かないような変異は、簡単には起きない。まずは死亡率や 重症化率の変化などのデータを見極め、対応を考える必要がある」と話す。